Новости
23 декабря 2020
Интернет-пользователи могут помочь ученым в поиске лекарства от COVID-19. Научный сотрудник Н.Н. Никитина реализовала систему, которая позволяет участникам добровольных вычислений подключиться к международному проекту COVID.SI и внести свой вклад в борьбу с пандемией.
Каждый пользователь Интернета может помочь ученым в поиске средства от коронавируса. Для этого требуется лишь поделиться мощностью своего компьютера и установить программу, которая сама присоединится к глобальным расчетам по обнаружению молекул, перспективных в борьбе с инфекцией. Научный сотрудник лаборатории телекоммуникационных систем Наталия Никитина реализовала систему, которая позволяет участникам добровольных вычислений подключиться к международному проекту COVID.SI и внести свой вклад в решение мировой проблемы.

Цель проекта COVID.SI заключается в исследовании библиотек химических соединений и поиске лекарства от новой коронавирусной инфекции. С помощью компьютерных технологий ученые ищут лиганды – небольшие молекулы, способные связываться с белками вируса и изменять специфический процесс, важный для его биохимии. Проблема в том, что общее число всех возможных молекулярных структур настолько огромно, что его образно называют химической Вселенной, а перебор молекул в ней сравнивают с поиском иголки в стоге сена. Организаторам не хватает ресурсов для этих вычислений, и они призывают на помощь гражданскую науку, то есть всех желающих. Это сродни краудфандингу, только пожертвовать нужно не деньги, а долю мощности своего компьютера, интернет-трафика и электроэнергии.



Проект COVID.SI инициирован словенскими учеными, в его международной команде – эксперты в области биологии, химии, фармацевтики, биоинформатики, IT-технологий и математики. Одна из них – Наталия Никитина, кандидат технических наук, научный сотрудник лаборатории телекоммуникационных систем Института прикладных математических исследований Карельского научного центра РАН. Именно она реализовала систему, которая позволяет участникам сообщества добровольных вычислений присоединиться к виртуальному скринингу лекарства от коронавируса.

– Эта процедура требует большого объема мощностей, которых у малого коллектива биологов нет. Поэтому мы, в свою очередь, создали дополнительный проект SiDock@home для участников мирового сообщества добровольных вычислений. К нему может присоединиться каждый. Два месяца наш проект работал в тестовом режиме, а 17 декабря был запущен полноценно. В результате даже за эти два месяца SiDock@home собрал мощностей в 25 раз больше, чем основной проект COVID.SI за семь месяцев существования!

У Института прикладных математических исследований и Наталии Никитиной уже есть немалая практика организации добровольных вычислений для поиска эффективных решений. Наталия уже участвовала в виртуальном скрининге лекарств. Так что поставленная задача для нее не нова. Также она отмечает, что, помимо работы на общее благо, участие в проекте обогатит опыт института в этом направлении.

– Добровольные вычисления – это, с одной стороны, сложный технический процесс, а с другой – процесс взаимодействия множества людей на добровольных началах. И неизбежно возникают проблемы, часть из которых можно решить методами чистой математики, – поясняет эксперт. – Например, если возник наплыв однотипных результатов, не несущих новой информации, то можно математически создать такие правила игры, по которым участникам будет выгодно выполнять разнотипные задания. Ведь все участники зарабатывают очки и получают в награду специальные значки. Можно разработать и другие механизмы – по борьбе с подлогами результатов или взаимной проверке.

Однако самим участником добровольных вычислений необязательно разбираться на экспертном уровне ни в математике, ни в биологии – достаточно обладать минимальной компьютерной грамотностью. На сайте https://www.sidock.si/ необходимо скачать программу BOINC, установить ее на свой компьютер, выбрать проект SiDock@home и запустить. Система работает в фоновом режиме и наиболее активна в часы наименьшей загруженности компьютера. Результаты вычислений отправляются автоматически. Сейчас в проекте уже более трехсот участников из разных стран.

Таким образом, каждый из нас может помочь не только в борьбе с распространением инфекции, соблюдая правила профилактики, но и в поиске лекарства от нее.

Смотрите также:

Участники конференции. На переднем плане – директор ИПМИ КарНЦ РАН Владимир Мазалов
7 июля 2022
Международная математическая конференция "MOTOR 2022", которая проходила в Карелии 2–6 июля, собрала специалистов из девяти стран. Математики из разных городов России и Китая принимали участие очно, их коллеги из других стран присоединились онлайн. Эксперты обсуждали проблемы и задачи математической оптимизации, которая находит практическое применение в различных сферах нашей жизни.
19 мая 2022
В Правительстве РК состоялась презентация проектов, поддержанных по итогам регионального конкурса РНФ, и церемония награждения их руководителей. Проф. В.В. Мазалов презентовал проект "Разработка и исследование математических моделей и программ нахождения равновесия транспортных потоков и оптимизации транспортной сети на примере Петрозаводска"
6 апреля 2022
Горожане могут помочь карельским математикам в создании системы для моделирования транспортной ситуации в Петрозаводске. Она позволит уменьшить пробки и сократить время поездок по городу. На начальном этапе работы очень важно провести сбор данных. Пожалуйста, примите участие в коротком анонимном опросе.